曹爽扣住奏章，把曹芳留在伊水之南，砍伐树木建成鹿角，征发屯兵数千人以自守。桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去，发文书征调天下兵马勤王。曹爽果然疑惑，不从其计。反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿，探听动静。司马懿乘机数说曹爽的过失，让他早来服罪。接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说，朝廷只是免他的官职，并以洛水为誓。曹爽欲信其言，桓范等人从晚上一直劝到第二天黎明。结果，曹爽投刀于地，说：“司马公正当欲夺吾权耳。吾得以侯还第，不失为富家翁。”桓范哭说：“曹子丹佳人，生汝兄弟，犊耳!何图今日坐汝等族灭矣。”于是，曹爽请免职，随曹芳回京。曹爽兄弟一回府，即被司马懿派兵包围。在曹爽府宅四角修高楼，派人在楼上密切监视着。曹爽拿弹弓到后园中，楼上人就喊：“故大将军东南行!”曹爽愁闷，不知所措。不久，司马懿以谋反的罪名，杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓飏、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族;但对曹爽门下的二流人物，司马懿特别宽大处理，如鲁芝，辛敞，王沈等人，后来还有人成为晋朝新贵。同年二月，曹芳任命司马懿为丞相，增繁昌、鄢陵、新汲、父城为其封邑，前后其计八县，食邑二万户，特许奏事不名。司马懿固辞丞相之职不受。十二月，诏命加九锡之礼，朝会不拜，司马懿又固辞九锡。

　　嘉平二年(250年)春，曹芳命司马懿在洛阳立庙。司马懿久病，不任朝请，每遇大事，天子亲自到他府中去征询意见。

　　去世辞封

　　王凌是司徒王允的侄子，早年和司马懿的哥哥司马朗、贾逵等人是好友，曹叡死时，为征东将军假节督都扬州军事，曹爽对他积极笼络，因破吴有功，把他提升为车骑将军，开府仪同三司。后又升为司空。司马懿诛曹爽，王凌心生不满，与侄子令狐愚图谋废黜曹芳，立楚王曹彪为皇帝。还未行动，令狐愚便已死亡。

　　嘉平三年(251年)正月，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。司马懿知其阴谋，不令兴兵。并于四月亲率中军讨伐王凌。司马懿故技重施，先下赦书赦免王凌之罪，写信安慰他，但不久大军突至。王凌自知势穷，便独自乘船迎接，派属官王或请罪，送上印绶、节钺。

　　司马懿军到武丘，王凌在水边自缚等待，说：“我如有罪，公可用半片竹简召回，何苦亲自来呢?”司马懿说：“因为君非折简之客啊!”说罢，命将领率六百人马想把王凌解送洛阳。王凌向司马懿要棺材上的钉子，想试探一下司马懿想不想杀自己，司马懿命手下人找来送给他。五月，王凌到项城，绝望，服毒而死。

　　司马懿进军寿春，参与王凌之谋的人都出来自首。司马懿推知其事，凡牵连在内的一律诛灭三族。派人挖开王凌、令狐愚的坟墓，在附近的市上，剖棺暴尸三天，然后，烧掉他们的印绶、官服埋于土中。逼楚王曹彪自尽。并且把魏之王公全部拘捕，放置邺城，命有司监察，不准他们互相交结往来。

　　曹芳策命司马懿为相国，封安平郡公，孙及兄子各一人为列侯，前后食邑五万户，封侯者十九人。司马懿固辞相国、郡公之位不受。

　　嘉平三年八月戊寅(251年9月7日)，司马懿在洛阳去世，享年七十三岁。当年九月庚申，司马懿被葬于河阴首阳山，谥文贞，追封相国、郡公，司马孚秉承他的遗愿，辞让郡公和殊礼，遗命简葬，作顾命三篇，敛以时服，不树不坟，不设明器。谥号后改为文宣。但《三国志》和《晋书·文帝纪》均记载谥号为“宣文”，故多以后者为准。同年十一月，有司奏请将各位已故功臣的灵位置于魏太祖庙中，以配享祭祀，排位以生前担任的官职大小为序。太傅司马懿因位高爵显，列为第一。

　　司马昭封晋王后，追封司马懿为宣王;咸熙二年(265年)，司马昭之子晋武帝司马炎受魏禅，给司马懿上尊号为宣皇帝，称其陵墓为高原陵，庙号高祖。

　　政治

　　除军事方面外，司马懿在魏明帝大修宫室之际他也加以劝谏，魏明帝驾崩后他奏请罢修宫室，雕玩物之人力，节用务农，使天下欣赖。

　　识拔人才上，司马懿从寒门中提拔了邓艾、王基、州泰等人才，如虞预所说，经略之才可谓远矣。